Datorbaserade modeller underlättar processerna
Strukturbioinformatik som Käthe Dahlström forskar inom fokuserar på förutsägning av proteiners struktur och deras funktioner.
Modellstrukturer av proteiner är populära inom forskning på molekylär nivå, inom bioteknologi och inom läkemedelsutvecklingen.
I sin avhandling har Käthe Dahlström fokuserat på fem olika proteiner, vilkas strukturer hon gjort datormodelleringar av. Proteinerna har modellerats på basis av liknande proteiner med känd struktur.
– Grundidén bakom modellering av proteiner är att besläktade proteiner har en liknande struktur och då kan man modellera ett okänt protein utifrån ett protein som har en känd struktur.
Hälsorelaterade proteiner
Strukturen är central för funktionen hos proteinet och därmed mycket viktig inom till exempel läkemedelsutveckling. Kännedomen om proteinets tredimensionella struktur underlättar planeringen och utförandet av experimentella tester.
De flesta av de undersökta proteinerna i avhandlingen är hälsorelaterade. Bland dem finns proteiner som hjälper bakterier att undgå människans immunförsvar vid infektioner samt ett cancerrelaterat protein.
– Min avhandling fokuserar på hur man kan göra en tillförlitlig modell.
Resultaten kan användas som grund för fortsatt forskning kring proteinerna, för att skapa nya läkemedel där proteinerna ingår och för att underlätta processerna vid tillverkningen av läkemedel.